Koukaku no Pandora” è ambientato in un’era dove disastri ambientali di grande rilievo accadono costantemente, e dove i cyborg e i robot autonomi stanno per venire immessi nel mercato delle nazioni più sviluppate tecnologicamente. Le più grandi potenze mondiali competono ferocemente nei campi della tecnologia e della ricerca e il divario tra ricchi e poveri aumenta. Non si prospetta alcun futuro per questi ultimi. In questo stadio di transizione, tutti sviluppano un’eccessiva autoindulgenza e il percorso che l’umanità sta prendendo pare incerto. È la storia di due ragazze cyborg che si incontrano in questa era.
L'impero americano, attraverso delle esplosioni sotterranee, prova a recuperare con la forza Buer, l'enorme scavatore multi-articolato inattivo, che a furia di essere continuamente disturbato causa frequenti disordini sull'isola. Clarion si è infiltrata nella base segreta dell'impero americano nella speranza di tenere al sicuro Nene. Tuttavia, si ritrova a combattere con l'androide da battaglia inviato dal colonnello Kurtz, che sta tramando di impadronirsi di Buer! D'altro canto, Nene, che teme per l'incolumità di Clarion, che è scomparsa senza dire una parola, si dirige verso la base sotterranea accompagnata dal piccolo Buer, un lord pervertito.
