Ichigo Momomiya è una studentessa liceale solare, vivace e timidamente innamorata del compagno di classe Aoyama; allo stesso tempo, è stata dotata di abilità speciali nel momento in cui, all'improvviso, il proprio patrimonio genetico è stato modificato e mescolato al DNA di animali rari e in via d’estinzione, facendone così una Mew Mew, una delle cinque prescelte paladine della giustizia.
Ryo Shirogane e Keiichiro Akasaka sono i responsabili della mutazione indotta in Ichigo e nelle amiche e compagne Mint, Lettuce, Pudding e Zakuro; al contempo, i ragazzi sono proprietari e gestori del Café Mew Mew, in cui ciascuna delle protagoniste lavora, dietro la duplice veste di cameriera e super eroina. Sulla Terra, infatti, iniziano ad apparire strani mostri creati e mandati a minacciare la razza umana da parte dei fratelli alieni Kisshu, Pai e Tart, agli ordini del misterioso Deep Blue.