Anni dopo aver collaborato con le forze delle Federazione Terrestre, Char Aznable riprende i suoi propositi bellicosi nei confronti della Terra, proclamando la nascita di Neo Zeon e dichiarando di voler punire per sempre la Terra facendo precipitare l’asteroide Axis, che innescherebbe la catastrofe sul pianeta. Bright, Amuro e gli uomini della Londo Bell (sezione spaziale dell’esercito terrestre) si uniscono nuovamente nel disperato tentativo di contrastarlo. Nel frattempo, la giovane Quess si unisce a Char, dimostrandogli incredibili doti New Type. 
L’ultimo scontro tra Amuro e Char è ormai imminente, chi sopravviverà?