Nella città-studio, Toma Kamijo è un liceale come tanti, ma con la sua mano destra è in grado di annullare qualunque potere anomalo. La sua vita prende una piega assurda il giorno in cui trova (stesa sul suo balcone!) la suora bambina Index, custode “mnemonica” di ben 103.000 grimori, di proprietà della Chiesa Puritana d’Inghilterra!
Di fronte alla tragedia accaduta a Himegami, Toma perde il controllo di sé ed è pronto a scagliarsi alla cieca contro i responsabili, senza rendersi conto che rischia soltanto di fare una brutta fine! Fortunatamente qualcuno riuscirà a ricondurlo alla ragione e a convincerlo che c’è un sistema migliore e più efficace per ottenere giustizia...