Prequel del celebre manga e trasposizione in fumetto della serie animata, Ghost in the Shell – Arise fa finalmente luce sul passato dei protagonisti della seguitissima saga cyberpunk, raccontando la genesi della mitica Sezione 9! Vedremo quindi una giovanissima Motoko Kusanagi, al servizio del Governo, impegnata a indagare su vari indiziati, sospettati della pianificazione di attentati e grossi crimini. Al suo fianco avrà coloro che diventeranno i suoi futuri e inseparabili compagni…
Bato e Ishikawa cercano di salvare il colonnello Soga, condannato a morte sulla base di accuse infondate. Per scagionarlo tentano di accedere a Pandora, un database protetto dal segreto militare, ma il maggiore Kusanagi e Logikoma sono pronti a impedirglielo! Quali verità si celano dentro Pandora?