Akira è uno studente timido e pavido che ha un rapporto problematico con la tecnologia. Temendo che i compagni possano isolarlo per via del suo carattere, decide di compiere il primo passo verso il cambiamento aiutando una ragazza in difficoltà, ma viene investito da un camion e - ironia della sorte - si risveglia anni dopo sotto forma di Ex-Arm 00, un’arma tecnologicamente avanzata dalla coscienza umana e dalle potenzialità ignote...
Il Banditore, che si è scoperto essere un clone di Shuichi, fratello maggiore di Akira, viene ingoiato da ß, che sin dall’inizio mirava alla Ex-Arm No.11 nelle mani del venditore. Questo "sacrificio" si rivela essere in realtà un tiro mancino del Banditore, che in tal modo affida ad Akira le sue ultime volontà insieme all’arma No.11, dando al ragazzo la possibilità di eliminare una volta per tutte l’avversario. Tuttavia, proprio in quel momento, un’interferenza colpisce i caccia dell’esercito americano inviati contro ß, prendendone il controllo...