Il giovane Shiki vive sul pianeta Granbell insieme ai robot che animano un vastissimo parco a tema. Un giorno arrivano due visitatori, i primi a mettere piede su Granbell da circa un secolo: Rebecca, una giovane creatrice di contenuti digitali, e il suo gatto blu Happy. I tre vanno subito d’accordo e diventano amici… Ancora non sanno che questo incontro cambierà i loro destini!
Fiutando l’odore dei soldi, Drakken Joe si è messo sulle tracce dell’Edens Zero. Shiki e i suoi compagni, dopo aver sconfitto la Dama Scarlatta e liberato il pianeta Sun Jewel, decidono però di dirigersi spontaneamente verso la gigantesca corazzata che il nemico usa come base, trasformandosi da prede in cacciatori. Quella di passare al contrattacco sarà stata una buona scelta... o porterà a conseguenze funeste?