L'umanità, attaccata da una misteriosa creatura ostile, rischiava di estinguersi; tuttavia, grazie all'intervento delle Magical Girl, è riuscita a sopravvivere. Tre anni dopo, una nuova minaccia mette in pericolo il mondo e Asuka, leader delle Magical Girl che sperava di essersi lasciata le difficoltà della guerra alle spalle, dovrà impugnare di nuovo le armi per combattere!
Le magical girl sono scese in campo per contrastare gli attacchi terroristici magici della Brigata babele su New York. Mentre Jade affronta la maga mercenaria Xiao, che usa la musica come arma, e un golem master, Asuka, con Kurumi e Mia, si scontra contro gli Zmey, armi biologiche magiche, potenziati. 
Nel frattempo il corpo di Sayako, che è stata rapita, subisce un cambiamento, e il vero obiettivo della Brigata babele viene finalmente svelato...