Il giovane Shiki vive sul pianeta Granbell insieme ai robot che animano un vastissimo parco a tema. Un giorno arrivano due visitatori, i primi a mettere piede su Granbell da circa un secolo: Rebecca, una giovane creatrice di contenuti digitali, e il suo gatto blu Happy. I tre vanno subito d’accordo e diventano amici… Ancora non sanno che questo incontro cambierà i loro destini!
Prima di rimettersi in viaggio, Shiki e i suoi compagni si sono recati su Granbell dove, con loro enorme sorpresa, hanno incontrato il redivivo Ziggy! Quest’ultimo, però, è cambiato a tal punto da sembrare un’altra persona e, dopo aver dichiarato di voler dominare gli esseri umani, ha tentato di affondare l’Edens Zero! Scampato il pericolo grazie all’intervento di Elsie, Shiki e gli altri partono all’inseguimento dell’Edens One con cui il Re Demone vuole raggiungere Mother, e arrivano alla linea di confine che separa il Sakura Cosmos dallo spazio esterno…