A causa di un eccessivo incremento demografico della popolazione mondiale, gli esseri umani hanno iniziato a trasferirsi nello spazio. Nel 79° anno di questa era, in una zona invasa da detriti e tormentata da scariche elettriche, infuria la battaglia tra il Principato di Zeon e le forze della Federazione per il controllo del territorio...
Dopo l’ultimo combattimento terrestre, Daryl Lorenz, allontanatosi involontariamente dal grosso dell’Alleanza dei Mari del Sud, tenta di tornare nello spazio collaborando con l’ex tenente colonnello Galle. Nel frattempo Io Flemming, che appartiene all’Esercito Federale, uccide Cornelius, un amico fidato che faceva la spia per l’Alleanza, e si riprende dal PTSD. La meta finale di entrambi è Side 3, la Repubblica di Zeon che rappresenta anche il bersaglio dell’abate Levan Huu, capo dell’Alleanza dei Mari del Sud... In vista dell’ennesimo scontro, i due piloti rivali cercano una nuova arma per prevalere sull’avversario.