A causa di un eccessivo incremento demografico della popolazione mondiale, gli esseri umani hanno iniziato a trasferirsi nello spazio. Nel 79° anno di questa era, in una zona invasa da detriti e tormentata da scariche elettriche, infuria la battaglia tra il Principato di Zeon e le forze della Federazione per il controllo del territorio...
L’armata degli Psycho Zaku, in mano ai membri dell’Alleanza dei Mari del Sud, si scontra di nuovo nel Settore Thunderbolt con l’Esercito Federale, guidato dal Perfect Zeong e dai due piloti Io e Lily. Grazie alla potenza dello Zeong e alla forza di coesione della Federazione, che ha giurato di vendicarsi dello Spartan, il combattimento termina con la disfatta dell’Alleanza. A quel punto, il teatro della battaglia si sposta su Side 6, un gruppo di colonie neutrali a cui Kaufman, Billy e gli altri chiedono che venga concesso asilo ai numerosi profughi...
