I Sette Misteri sono celebri leggende urbane giapponesi legate alla scuola e una delle più note è quella di Hanako, il fantasma di una ragazza che infesta i bagni dell’Accademia Kamome e che, secondo le voci, realizzerà ogni desiderio del fortunato che riuscirà a evocarla. Quando Nene Yashiro tenta l’impresa di scovare Hanako, alla ricerca di aiuto in amore, scopre però che la “ragazza” in realtà è... un ragazzo! La studentessa finisce così coinvolta in un’avventura mistica nella quale, come assistente di Hanako, scoprirà quanto può essere fragile l’equilibrio tra il mondo mortale e quello degli spettri.

Dopo il verdetto dei Custodi del Tempo, il passato del mondo è stato alterato. Nene inizia lentamente a comprendere che c'è qualcosa di diverso nella realtà che la circonda. Che tutto questo sia collegato a un misterioso rituale che si sta diffondendo a macchia d'olio nell'accademia Kamome?