Anno 2196. La Terra è in guerra da un anno con dei misteriosi invasori spaziali provenienti da Giove. Nonostante la strenua difesa perpetuata dall'Alleanza Terrestre, gli invasori hanno conquistato la colonia umana su Marte, e si apprestano ad attaccare anche la Terra. All'insaputa dell’alleanza, le Nergal Heavy Industries, appaltatrici per la costruzione delle navi spaziali dell’esercito, decidono di costruire un proprio modernissimo incrociatore stellare per risolvere il conflitto, la Nadesico. Per comandarla viene scelta una giovane cadetta, Yurika Misumaru, molto capace ma ancora inesperta. A bordo anche il clandestino Akito Tenkawa, ex pilota aspirante cuoco e amico d’infanzia di Yurika...