Teppei Takamiya è il guardiano di una fattoria nell'isola Kamui, nel nord del Giappone. Suo fratello maggiore, Kotarou Takamiya, parte per studiare robotica in Germania e diventa uno dei più brillanti scienziati al mondo. Cinque anni dopo i due fratelli si riuniscono durante un incontro di robotica a Mechatopia, in Cina, e qui Kotarou annuncia il suo interesse per l'intelligenza artificiale. L'incontro però si interrompe drammaticamente quando Kotarou, dopo che tutti i presenti sono stati uccisi, viene catturato da dei sicari dell'Impero Meccanico, e condotto nell'Area, una base mecha nascosta nel deserto del Gobi da una tempesta perenne di sabbia. Teppei riesce a seguire il rapitore e, raggiunta l'Area, viene attaccato da Metal Face. Teppei viene ferito, incapace di vincere, e gettato assieme ai relitti dei B't. Nel frattempo, dentro l'Area, Kotarou scopre che è stato convocato da un altro soldato dell'Impero, per trovare un modo di fermare il B't finale, una creazione conosciuta come Raffaello, che ha cominciato un'evoluzione terrificante e incontrollabile.