La pacifica colonia di Frontier IV viene improvvisamente invasa dalle truppe della Crossbone Vanguard, un’armata al servizio della potente famiglia Ronah, che con un colpo di stato vuole prendere il potere su Frontier Side.
Un gruppo di ragazzi riesce a fuggire da Frontier IV con una navicella spaziale, ma la giovane Cecily Fairchild viene rapita dai nemici e condotta presso la famiglia Ronah, della quale scopre esserne discendente. Nel frattempo i ragazzi si imbattono nella Space Ark, e uno di loro di nome Seabook, scopre che sulla nave c’è un Mobile Suit progettato da sua madre. Seabook decide di prenderne i comandi e lo battezza come Gundam F91.