In un lontano futuro quando gli oceani della Terra si prosciugarono, il genere umano si convinse che era giunta la fine... La gente alzava lo sguardo al cielo, verso quel mare blu che si perdeva nell'infinito, e chiudendo su di esso i propri occhi piangeva angosciata per il proprio destino. Allora alcuni coraggiosi salparono per quel nuovo e sconfinato abisso, serbando nel cuore la speranza di un futuro migliore. Tra questi Harlock e Tochiro, due giovani i cui eroici cuori traboccavano di ideali e di sete di avventura. Quando nel 2977 un misterioso oggetto si conficca sulla superficie di quella che era stata Tokyo, Harlock decide di tornare sul nostro pianeta per accogliere a bordo della sua nave Arcadia Tadashi, il giovane figlio del professor Daiba, che ha scoperto che l'oggetto è in realtà una bandiera - segnalatore lanciato dal popolo extraterrestre delle mazoniane, le donne che bruciano come carta...