Prequel del celebre manga e trasposizione in fumetto della serie animata, Ghost in the Shell – Arise fa finalmente luce sul passato dei protagonisti della seguitissima saga cyberpunk, raccontando la genesi della mitica Sezione 9! Vedremo quindi una giovanissima Motoko Kusanagi, al servizio del Governo, impegnata a indagare su vari indiziati, sospettati della pianificazione di attentati e grossi crimini. Al suo fianco avrà coloro che diventeranno i suoi futuri e inseparabili compagni…
Bato ha cominciato la sua attività come membro dell’unità speciale sotto il comando di Kusanagi. Al suo primo incarico, dovrà occuparsi di un attentato terroristico legato a un accordo internazionale sulle forniture d’acqua. Contemporaneamente l’agente Togusa comincia un’indagine sull’esplosione di una diga che lo porterà a conoscere Kusanagi, Bato e l’intera squadra. Dietro i due casi si profila l’ombra di Scylla, un eroe di guerra dato per morto anni prima…