Il giovane Shiki vive sul pianeta Granbell insieme ai robot che animano un vastissimo parco a tema. Un giorno arrivano due visitatori, i primi a mettere piede su Granbell da circa un secolo: Rebecca, una giovane creatrice di contenuti digitali, e il suo gatto blu Happy. I tre vanno subito d’accordo e diventano amici… Ancora non sanno che questo incontro cambierà i loro destini!

Shiki e compagni hanno preso contatto con Oasis, l’esercito ribelle che si nasconde su Sandora, e sono riusciti a convincere il leader Goodwin ad aiutarli a fermare il piano di Poseidon Shura, intenzionato a uccidere tutte le macchine. Le due squadre partono quindi per lo spazio. Nel settore spaziale intorno a Nero 66, uno degli Oracion Seis ha dato il via a uno scontro con le forze di Shura, e l’Edens Zero approfitta della situazione per lanciarsi verso la superficie del pianeta...