L'improvvisa apparizione di un kaiju scatena un maremoto che devasta la cittadina portuale di Sukuba. L'enorme creatura, però, si dissolve subito in mare, trasformandosi in nutrimento per la fauna locale e portando a pesche miracolose. Per Sukuba inizia così un periodo di ricchezza e il mostro viene venerato come "la divinità della fecondità Gaea-Tima". Anche Miyako Morino, che da bambina ha perso tutto nello tsunami, trova il modo di rifarsi vendendo una statuetta che ritrae la creatura e che diventa una hit tra i turisti. Dieci anni dopo l'evento, però, ecco che nella ormai tranquilla cittadina torna a farsi vedere un kaiju...

Gaea-Tima, grazie al forte legame stretto con Miyako, riesce ad avere la meglio nel nuovo scontro con Tsubagura, il kaiju manovrato da Hibari. La notizia si diffonde non solo a Sukuba, ma in tutto il Giappone. Anche Miki, l'amica di Miyako che si è trasferita a Tokyo dopo che la sua vita è stata sconvolta da quelle creature, lo viene a sapere. Come reagirà? Nel frattempo, di fronte ai membri del FUNE, che con l'aiuto della cooperativa dei pescatori erano usciti in mare per fare ricerche sul limo, compare un branco di kaiju somiglianti allo Yoboya che Gaea-Tima aveva sconfitto tempo prima...