Un terribile virus compare in Russia e fa strage tra parte della sua popolazione. Scopo: sconosciuto. Due soli indizi: una misteriosa donna, "Maya", e "Bloody Monday", la parola chiave di un progetto. Nella lontana città di Tokyo, Fujimaru Takagi, uno studente del secondo anno della scuola superiore Mishiro Gakuin, viene incaricato dal PSST (Public Security Intelligence Agency) di indagare sull'accaduto. Questi grazie alle sue grandi capacità di hacker, dovrà analizzare i files presenti in una memory stick rinvenuta dalla PSST.
Nel frattempo qualcuno arriva in Giappone, deciso a recuperare la memory stick, e nel contempo il padre di Fujimaru viene misteriosamente accusato di aver ucciso il suo superiore. Ora il ragazzo è deciso più che mai a scoprire la verità dietro questo Bloody Monday, ed a salvare se ed il suo paese.