Tokyo non è più quella di un tempo. Trent'anni fa fu devastata dal più catastrofico terremoto della storia, che la costrinse a cambiare faccia. In questo nuovo e intricato conglomerato urbano, il cui nome è cambiato definitivamente in Kyuto, e che è precipitato in una sorta di post-apocalisse vittoriana, avvengono misteriosi e crudeli incidenti che gettano la popolazione nel terrore. Solo il piccolo Mayuki Hyuga, notato di un’intelligenza ben al di sopra della norma, e dal passato sconosciuto, sembra essere capace di venire a capo degli enigmi mantenendo il sangue freddo anche di fronte alle situazioni più bizzarre. Mentre la polizia indaga per scoprire chi sia in realtà Mayuki, lo aiutano nelle sue imprese il fedele maggiordomo Seiran e la ‘strana’ cameriera Hatsumi…