Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni che si fanno chiamare Amanto, i quali, forti della loro superiorità tecnologica e conoscitiva, conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada, che considerano la loro stessa anima. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai...
Il padre di Kagura ha deciso di riportare la figlia sul suo pianeta natale! E in un momento così drammatico, ecco che appare un misterioso ed enorme organismo vivente... L'Agenzia Tuttofare potrà mai sciogliersi proprio adesso?! In corso ci sono anche una lotta tra donne per ottenere il ruolo di eroina, il trasferimento di un terribile vicino di casa, nonché un pedinamento da parte degli shinsengumi nei confronti di una coppia...!