Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni che si fanno chiamare Amanto, i quali, forti della loro superiorità tecnologica e conoscitiva, conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada, che considerano la loro stessa anima. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai...
Corre voce che Katsura sia stato ucciso! Al gruppo dell'Agenzia Tuttofare è stata assegnata l'indagine sui frequenti casi di passanti che vengono trafitti per testare una spada, e sembra che ci sia lo zampino di un'organizzazione alla cui testa c'è...! Ma questo è solo il primo colpo di scena...