In un universo in cui la Terra è il pianeta tecnologicamente più arretrato ma allo stesso tempo più prospero, non è facile difendersi dalle minacce di invasori alieni. Mikado City è assediata dai Neighbor, e gli unici in grado di contrastarli sono i membri dell'agenzia Border, dotati di un'arma speciale chiamata Trigger che permette di sfruttare l'energia presente in ogni essere, il Trion, per potenziarne le capacità...
Il comandante supremo della Border ha emesso un inatteso ordine di cattura nei confronti di Yuma. Jin, che ha ricevuto il comando, si mette subito sulla pista del Black Trigger, ma...! Il vero obiettivo per cui Yuma è venuto nel "mondo di qua" viene finalmente chiarito!