Akira è uno studente timido e poco coraggioso che ha un rapporto problematico con la tecnologia. Temendo che i compagni possano allontanarlo per via del suo carattere, decide di compiere il primo passo verso il cambiamento aiutando una ragazza in difficoltà . Tuttavia viene investito da un camion e, ironia della sorte, si risveglia anni dopo sotto forma di Ex-Arm 00, un'arma tecnologicamente avanzata dalla coscienza umana e dalle potenzialità sconosciute...
Nella sua nuova identità di Ex-Arm 00, Akira si scopre dotato di un'elevata capacità di hackeraggio, nonché inconsapevole responsabile della distruzione stessa di una parte di Tokyo! Viene inoltre a sapere che delle misteriose bombe umane vengono usate per compiere degli attentati suicidi... Chi o cosa ci sarà dietro?