Nel bel mezzo dell'epoca Edo, quella dei grandi samurai, piombano dal cielo degli alieni che si fanno chiamare Amanto, i quali, forti della loro superiorità tecnologica, conquistano la Terra. La casta dei samurai viene abolita e i nobili guerrieri privati della spada, che considerano la loro stessa anima. Tuttavia, qualcuno non è disposto ad accettare questa imposizione: si tratta di Gintoki Sakata, ragazzaccio ribelle e impulsivo, che con un gruppo di amici cerca di tirare avanti senza tradire i principi del vero samurai...
Il Dojo Kodokan decide di affrontare la famiglia Yagyu, famosa per l'arte del combattimento con la spada, mettendo "in palio" Otae! Ogni membro, compreso Shinpachi, si impegna nella durissima sfida sul campo di battaglia di casa Yagyu, mentre Gintoki porta avanti una sua personale lotta in un luogo inimmaginabile...!